Ce logiciel qui départage les 2 familles de PDA, contient les instructions préprogrammées qui indiquent au microprocesseur quoi faire. Il fait également office d’interface utilisateur/machine.

Les logiciels d’exploitation employés par les PDA ne sont pas aussi complexes que ceux employés par les PC. Ils ont peu d’instructions et exigent donc moins de mémoire.

Les Palm fonctionnent désormais sous Garnet OS édité par Acces Linux Platform (anciennement PalmOS chez PalmSource) et les Pocket PC utilisent Windows Mobile (ex-Windows CE) édité par Microsoft.